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HMS Case Study

#industry #finance #lifesciences #other

Covariate Selection mit Machine Learning für klinische Modelle

Ein globales Pharmaunternehmen wollte die Auswahl relevanter Kovariaten für pharmakometrische Modelle beschleunigen und systematisieren.

Management Summary

Die bisherige Kovariatenselektion basierte auf zeit- und rechenintensiven Modellläufen und konnte mehrere Tage in Anspruch nehmen. HMS entwickelte eine interaktive Anwendung, die statistische Analysen und Machine-Learning-Verfahren kombiniert, um relevante Kovariaten strukturiert zu analysieren, auszuwählen und zu bewerten. Modellmetriken, Visualisierungen und SHAP-Werte unterstützen die fachliche Bewertung der Ergebnisse. Die Anwendung reduziert die Dauer der Kovariatenselektion auf Minuten pro Analyse und erzeugt reproduzierbare Analyse-Notebooks für die weitere Verwendung.

Projektsteckbrief

#lifesciences
Globales Pharmaunternehmen

Globales Pharmaunternehmen

Branche: Pharma
Projektstart: 10/2025
Schwerpunkt: Data Science & Machine Learning
Use Case: Predictive Machine Learning

Projektziel

Unterstützung der Kovariatenselektion für pharmakometrische Modelle zur Vorbereitung von NonMEM-Analysen

Wichtigste Kernfunktionen

  • Entwicklung einer interaktiven Anwendung zur Analyse und Auswahl relevanter externer Variablen
  • Kombination von Korrelationsanalysen und Machine-Learning-Verfahren zur Feature-Selektion
  • Integration von Modellbewertung und Visualisierung zur Unterstützung fachlicher Entscheidungen
     

Tech Stack

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Wir haben eine Anwendung zur strukturierten Kovariatenselektion mithilfe von Machine Learning entwickelt und ermöglichen so deutlich schnellere pharmakometrische Analysen.

Luis Wirth

Senior Data Scientist

Die Ausgangslage

Mitarbeitende in der klinischen Pharmakometrie analysieren Studiendaten, um geeignete externe Faktoren für die Modellierung pharmakokinetischer Zusammenhänge wie die Aufnahme und Verteilung von Medikamenten im Körper zu identifizieren. Die Auswahl dieser Faktoren bildet die Grundlage für nachgelagerte Modellierungsprozesse und kann unter anderem in die Festlegung der Dosis eines Medikaments einfließen.

Die Kovariatenselektion wird traditionell mithilfe von Nonlinear Mixed-Effects-Modellen durchgeführt. Die zugrunde liegenden Modellläufe sind aufwendig, rechenintensiv und benötigen mehrere Iterationen, wodurch sich die Analyse über mehrere Tage erstrecken kann. Gleichzeitig erfordert die Bewertung der Ergebnisse ein hohes Maß an fachlicher Expertise.

Einfache Prozessanpassungen reichen nicht aus, da die Modellierung selbst rechenintensiv bleibt und keine standardisierte Unterstützung für wiederkehrende Analysen bietet. Ohne geeignete Werkzeuge bleibt der Prozess zeitaufwendig und stark von einzelnen Expert:innen abhängig.
 

Die HMS-Lösung

ML-basierte Analyse und Auswahl von Kovariaten

HMS entwickelte eine Anwendung, die die systematische Bewertung und Auswahl relevanter externer Faktoren für pharmakometrische Analysen unterstützt.

Die Anwendung analysiert Zusammenhänge zwischen möglichen externen Faktoren mittels Mutual Information sowie Pearson- und Spearman-Korrelationen und stellt diese als Heatmaps mit definierten Schwellenwerten dar. Fachanwender:innen selektieren auf dieser Basis gezielt Kovariaten und schließen redundante Variablen aus, beispielsweise BMI und Körpergewicht.

ML-basierte Feature-Selektion

Die ausgewählten Variablen werden in Machine-Learning-Modelle überführt und mittels Kreuzvalidierung bewertet. Innerhalb jeder Iteration identifiziert das Boruta-Verfahren relevante Variablen durch den Vergleich mit randomisierten Features. Selektiert werden Variablen, die einen positiven Einfluss auf die Vorhersagegüte haben.

Modellbewertung und Ergebnisaufbereitung

Die Anwendung stellt die Wichtigkeit der Variablen und ihre Einflussrichtung auf die Zielvariable mithilfe von SHAP-Werten sowie Gütemaße und Modellmetriken bereit. Diese Informationen ermöglichen eine fundierte Bewertung der Modellgüte und der Relevanz einzelner Kovariaten.

Reproduzierbarkeit für regulierte Umgebungen

Die Anwendung generiert auf Knopfdruck ein Quarto-Notebook, das die durchgeführten Analysen reproduzierbar abbildet und in einer unabhängigen Programmierumgebung ausgeführt werden kann. Dies unterstützt die nachvollziehbare und reproduzierbare Nutzung der Analyse in regulierten Kontexten.

Der Kundennutzen

Schnellere Kovariatenselektion durch ML-gestützte Analyse

Die ML-gestützte Anwendung beschleunigt und strukturiert die Kovariatenselektion für pharmakometrische Modelle.

Schneller

Von Tagen auf Minuten

Die Kovariatenselektion reduziert sich von mehreren Tagen auf Minuten pro Analyse.

Nachvollziehbarer

Nachvollziehbare Entscheidungen

Einheitliche Bewertungsgrundlagen unterstützen Fachanwender:innen bei der Auswahl relevanter Kovariaten.

Reproduzierbarer

Analysen transparent dokumentiert

Automatisch erzeugte Quarto-Notebooks bilden die durchgeführten Analysen reproduzierbar ab.

Effizienter

Gezielte Vorbereitung der Modellierung

Relevante Kovariaten werden strukturiert bewertet und für nachgelagerte pharmakometrische Analysen ausgewählt.

Unsere Stärken, Ihre Vorteile

ML-Lösungen für die klinische Analyse

In diesem Projekt verbindet HMS pharmakometrische Analyse, Machine-Learning-Methoden und die Entwicklung einer interaktiven Anwendung. Der reproduzierbare Analyseprozess berücksichtigt dabei auch die Anforderungen eines regulierten Umfelds.

Was Sie von HMS erwarten können

Für vergleichbare Vorhaben verbinden wir fachliches Verständnis, Data Science und Software Engineering zu Lösungen, die sich in bestehende Datenumgebungen integrieren lassen.

  • Umsetzung analytischer Anwendungen für klinische und pharmakometrische Fragestellungen
  • Integration von Machine-Learning-Methoden in bestehende Datenumgebungen
  • Entwicklung nachvollziehbarer und reproduzierbarer Analyseprozesse
     
Nicolai Henrichs
Nicolai Henrichs
Principal Sales & Solutions Consultant | Partner

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